يرجع تاريخ الإسلام في مصر إلى المرحلة التأسيسية للدولة الإسلامية في سنواتها الأولى، ويعود بالتحديد إلى عصر الخليفة الثاني عمر بن الخطاب، حينما عزم على فتح مصر ونشر رسالة الإسلام بين أهلها، وكان قائد فتح مصر عمرو بن العاص.
ويعتبر فتح مصر من الانتصارات العظيمة التي حققها المسلمون آنذاك. كانت إستراتيجية المسلمين في صدر الدولة الإسلامية تتلخص في معظمها حول نشر الإسلام في أصقاع الأرض، وكانت مصر في تلك الأثناء في يد البيزنطيين، وبعد أن تم فتح الشام، رأى الخليفة الثاني عمر بن الخطاب أن خطر البيزنطيين على الدولة الإسلامية الفتية لا يزال قائماً، فسعى إلى تأمين دولة المسلمين من خطرهم. وتم له ما أراد فتمكن من فتح مدن مصر واحدة تلو الأخرى، فاستولى على العريش عام 19 هـ/639 م، وعلى الفرما وبلبيس ثم على حصن بابليون الذي يعتبر مفتاح مصر ومدخلها السفلي عند شريط الدلتا، وحيث تحصنت به قوات الروم سبعة أشهر إلى أن تمكن المسلمون من فتحه صلحاً عام 21 هـ/641 م.
وخلال هذه المدة التي حاصر المسلمون فيها حصن بابليون تمكنوا من الاستيلاء على الفيوم. وتتابعت فتوحاتهم لمدن مصر آنذاك واحدة تلو أخرى حتى وصلوا مناطق مصر السفلى، مما جعل الروم يضطرون إلى الاحتماء والتحصن خلف أسوار الإسكندرية، غير أن المسلمين لحقوا بهم وحاصروهم خلف أسوارها حتى فتحوها صلحاً عام 21 هـ/641 م. ولم يدم هذا الفتح أكثر من ثلاث سنوات حتى قام الروم بثورة مضادة لطرد المسلمين وذلك عام 25 هـ/645 م.
كانت مصر آنذاك قد انتقلت قيادة المسلمين فيها لعبد الله بن أبي السرح، ورأى عثمان بن عفان وكان قد خلف عمر بن الخطاب بعد وفاته في الخلافة، أن يعيد عمرو بن العاص إلى القيادة، فتمكن هذا الأخير من قيادة المسلمين لفتح الإسكندرية مرة أخرى وتم له ذلك في نفس العام. وبذلك صارت مصر من أراض الخلافة الإسلامية، وأصبحت إحدى حواضر المسلمين